El 3 de agosto de 2005 se publicó en el Periódico Oficial “Tierra y Libertad” número 4405 la Ley de Innovación, Ciencia y Tecnología para el Estado de Morelos, de conformidad con lo dispuesto por el artículo 3 fracción V de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos, corresponde al Estado apoyar la investigación, científica y tecnológica, por lo que al efecto el Honorable Congreso del Estado expidió la Ley de Innovación, Ciencia y Tecnología para el Estado de Morelos, publicada en el Periódico Oficial “Tierra y Libertad” número 4405, la cual establece las bases fundamentales para garantizar el desarrollo de la Entidad, a través de mecanismos, criterios y apoyos institucionales en materia de ciencia y tecnología, con la finalidad primordial de organizar, planear, impulsar, fortalecer, respaldar, salvaguardar y vincular los sistemas en esta materia, con el total objetivo de alcanzar a corto plazo la autodeterminación en los planos económico, científico y tecnológico; y en general, el fortalecimiento del Estado Libre y Soberano de Morelos.
El 27 de septiembre de 2006, mediante publicación en el Periódico Oficial “Tierra y Libertad” número 4484, se da a conocer el acuerdo por el que se abroga el diverso que crea una Unidad Administrativa dependiente del Ejecutivo del Estado denominada Coordinación General de Modernización y Desarrollo Científico – Tecnológico, Que al efecto, el ordenamiento referido crea el Consejo de Ciencia y Tecnología del Estado de Morelos, como un organismo público descentralizado de la administración pública del Estado con personalidad Jurídica, patrimonio propio y autonomía técnica, de gestión y presupuestaria, con el fin de contribuir a desarrollar un sistema de educación, formación y capacitación de recursos de calidad y alto nivel académico; impulsar, fortalecer e innovar la investigación científica y el desarrollo tecnológico, para lograr una cultura científica en la sociedad morelense.
El 20 de diciembre del 2006, se publica en el Periódico Oficial “Tierra y Libertad” número 4500, el decreto número veintitrés, Por el que se reforma, deroga y adiciona diversas disposiciones de la Ley de Innovación, Ciencia y Tecnología para el Estado de Morelos.
El 24 de enero del año 2007, fue publicada en el Periódico Oficial “Tierra y Libertad” número 4506, el acuerdo.- Por el que se designa a la Secretaría de Desarrollo Económico como Coordinadora del organismo público descentralizado denominado Consejo de Ciencia y Tecnología del Estado de Morelos.
El 26 de septiembre del 2007, se publica en el Periódico Oficial “Tierra y Libertad” número 4558, el Reglamento de la Ley de Innovación, Ciencia y Tecnología para el Estado de Morelos, el cual establece diversas disposiciones generales.